В статье рассмотрен методологический аспект управления налоговой системой в рамках контрольной деятельности налоговых органов на примере налоговых проверок. В статье рассмотрены основные проблемы управления налоговой системой, а также предложены пути их решения в части управленческих решений, направленных на повышение эффективности и результативности контрольной деятельности.